Surgieron dentro de la iglesia entre los años de 1000 y 1500, cinco grandes movimientos de reforma que prepararon el terreno para la reforma de 1517 y los años siguientes. Al parecer, estos movimientos fueron aplastados por la persecución, pero los albigenses y los valdenses de Francia, Juan Wycliffe y sus seguidores (Los lolardos) de Inglaterra, Juan Hus en Bohemia y Gerónimo Savonarola en Italia, todos fueron usados por Dios para despertar la conciencia del pueblo y dirigirlo hacia la Biblia.
Poco se sabe de las doctrinas de los albigenses, que surgieron en el suroeste de Europa alrededor del año 1000 y alcanzaron su máximo desarrollo en 1170, pero amaban la Biblia y es probable que fueran ellos quienes hicieran la primera traducción de las Sagradas Escrituras a un idioma romance.
El Papa y los obispos que lo seguían optaron por prohibir que los laicos la leyeran en el idioma común. Esto se hizo en el concilio de Tolosa, en el año 1229. Contra los albigenses y otros reformadores que lo siguieron, se adoptó una política de exterminio total de los herejes como forma de acabar con la herejía. Al matar a todos los habitantes de la región donde radicaban los albigenses, se logró acabar con aquella secta odiada.
Aunque los valdenses sufrieron fuerte persecución desde el año 1170 por su predicación de la Biblia y su oposición a algunas de las doctrinas y costumbres de la iglesia, pudieron hallar albergue en Italia y constituyen hasta hoy uno de los grupos evangélicos de esa nación.
En Inglaterra, Juan Wycliffe, doctor en teología, enseñado en contra de la doctrina de la transubstanciación, que había sido aprobada por la iglesia en el año 1215. Tradujo la Biblia al idioma del pueblo y enseñaba que el Papa no tenía derecho a ejercer autoridad sobre Inglaterra. Después de su muerte, la persecución contra sus seguidores los exterminó.
Los escritos de Wycliffe influyeron en Juan Hus, rector de la universidad de Praga en Bohemia. Este enseñó directamente los derechos de la conciencia individual, predicó las doctrinas de Wycliffe y proclamó la liberación de la autoridad papal. Hus fue condenado y quemado en la hoguera en el año 1415, pero su mensaje y su martirio despertaron en su patria el deseo de reforma.
En Italia, Dios usó de una manera maravillosa a un fraile dominico llamado Gerónimo Savonarola para encender el fuego del avivamiento y llevar al pueblo al arrepentimiento. A quienes lo oían, les hacía ver la necesidad de la experiencia individual de conversión, de una fe viva en Dios y una vida recta delante de Él. El Papa lo excomulgó y condenó a ser ahorcado en el año de 1498. Después de muerto, su cuerpo fue quemado en la plaza mayor de Florencia, donde había predicado a las multitudes.
Solamente 19 años después de esto, estalló en Alemania lo que llegó a ser conocido como la gran Reforma. El conflicto empezó cuando un monje, profesor de Teología de la Universidad de Wittemberg se opuso al negocio descarado de la venta de indulgencias. La protesta de Martín Lutero comenzó en el año de 1517, como un esfuerzo pro-reforma dentro de la Iglesia, al oponerse a Juan Tetzel (agente del Papa) en la venta de indulgencias para levantar fondos para la Iglesia. El Papa lo excomulgó, pero algunos de los príncipes alemanes lo apoyaron y lo protegieron contra los esfuerzos papales para poner fin a su vida.
Ciertos aspectos del renacimiento, como el despertar intelectual que estaba en pleno desarrollo en aquel entonces, contribuyeron al éxito de los reformadores en el conflicto con el Papa. El creciente patriotismo en las distintas naciones, las tenía ya listas para rechazar el dominio papal. El énfasis sobre los derechos humanos había preparado a las masas para aceptar a Lutero como campeón popular contra los abusos del clero. La nueva importancia que se le daba a la razón humana predisponía al pueblo para examinar las Escrituras por sí mismo, en vez de aceptar ciegamente por obligación todo lo que dijera la iglesia.
El conflicto entre los reformadores y Roma duró por muchos años y tuvo por consecuencia la división de la iglesia. En líneas generales, todo el norte de Europa se separó de la iglesia romana y los países del sur permanecieron leales al Papa. Las diversas iglesias protestantes que salieron de la Reforma tenían entre ellas algunas diferencias de doctrina y de organización eclesiástica, pero habían establecido cinco principios básicos que los separaban del segmento no reformado de la iglesia cristiana, siendo estos los siguientes:
LA BIBLIA, y no la iglesia, es la base de la verdadera religión y la regla infalible para la fe y la conducta.
LA RELIGIÓN debe ser racional e inteligente. La razón se somete a la revelación, pero a la vez rechaza las doctrinas y costumbres contrarias a la razón.
LA RELIGIÓN debe ser personal. No se necesita un sistema de santos y sacerdotes como mediadores entre Dios y el hombre.
LA RELIGIÓN debe ser espiritual en vez de formalista, con más énfasis sobre la experiencia interna que sobre los ritos externos.
LA ORGANIZACIÓN y el gobierno eclesiástico deben ser nacionales en vez de universales y la adoración debe celebrarse en el idioma del pueblo.
Aunque Roma no había cedido a la demanda de los reformadores, después de la división de la iglesia, efectuó muchos de los cambios que hacían falta, en el movimiento llamado “contrarreforma”. Aunque la iglesia romana perdió algo de su territorio en Europa, se había descubierto un nuevo mundo que invitaba a la conquista por la espada y la cruz.